国家海洋功能区划专家委员会在国家海洋局的领导下，主要履行下列职责：审查并发布海洋功能区划编制技术单位推荐名录；审查海洋功能区划、海岸保护与利用规划、区域建设用海规划等区划、规划的技术规范和标准；负责国家和省级海洋功能区划技术指导和专家评审工作；开展海洋功能区划及相关规划的理论和实践研究。国家海洋功能区划专家委员会办公室设在国家海洋技术中心。

该委员会的成立对于加强海洋功能区划理论研究和技术指导、推进全国海洋功能区划工作具有重要意义。